许多慢性疾病，比如炎症性肠病、寻常痤疮和2型糖尿病等等，影响着现代社会中越来越多的人；但是，在狩猎采集人群和其它传统的非西方化的文化中，几乎没有这些疾病。这种差异很大程度上是由现代生活方式造成的。缺乏运动、日照不足、昼夜节律紊乱、过度卫生、微生物接触不足、接触有害化学物质以及慢性压力似乎是导致现代社会许多慢性疾病高发的主要因素。长期以来，我们知道这些类型的刺激可通过影响我们的基因表达而对我们的健康产生负面影响；但是，最近十多年来，我们了解到它们对我们的第二基因组人类微生物组的影响在某些方面可能要严重得多。
与我们自身所携带的人类基因组不一样，我们的共生微生物组是动态的、适应性强的，拥有数以万亿计的微生物，栖息在我们的皮肤、肺部、消化道以及我们身体的其它一些部位。我们所拥有的微生物细胞数量远远超过我们自身的细胞数量，并提供人体一些必需的生理功能。
肠道微生物通常被称为“被遗忘的器官”，因为直到最近十来年，我们才真正开始了解到生活在肠道中的数以万亿计的微生物对我们的健康有多么重要。虽然人体被看作是一个超级生物体，但是这些微生物其实并不是真正的“我们”。它们可以说是我们环境的一个重要部分，这些细菌、病*、真菌和古生菌与我们共同进化。
我们与微生物之间的共生关系数百万年之前就已经形成
其实，我们可以很容易地想象出我们与微生物之间的这种共生关系形成的部分原因。因为微生物能够帮助消化那些不易消化的食物成分并有助于抵御病原体，因此与细菌合作为我们提供了重要的生存优势。我们不是通过缓慢的生物进化来形成自身消化非淀粉类多糖的能力，而是将这些工作外包给了微生物。作为回报，我们宿主为它们提供食物和住所，形成互惠共生的关系。
生存与繁殖是进化的基础，只有双方都能从中获益，这种共生关系才能得以进化。
——宿主通过将其消化功能、代谢和免疫的某些方面外包给微生物而从中获益。没有微生物，宿主就不能正常工作。
——肠道微生物因宿主为其提供一个可以生存的环境而从中获益。它们通过宿主的饮食和肠道黏膜产生的某些化合物而获得能量。
人类与微生物携手向前
人们普遍认为，大约万年前，当肉类开始成为人类饮食中越来越重要的一部分时，我们的消化系统开始发生变化。也许最重要的是，由于从低质量的植物性食物逐渐过渡到高质量的饮食，我们的大肠变得更小。换句话说，因为更多的食物可以被宿主酶分解并被小肠吸收，我们不再需要微生物的发酵。然而，我们并没有完全切断与微生物小伙伴的联系。
根茎类蔬菜、水果和其它高纤维的食物是许多旧石器时代部落饮食的重要组成部分，而这些食物中人类难以消化的部分的分解工作则被分配给位于我们肠道内的微生物。
所以，狩猎采集的传统人群所摄入的食物会为我们肠道中的微生物提供了大量的食物。这一观点也得到了研究的支持，比如哈扎人，他们每天会摄入大量的膳食纤维。除了为肠道细菌提供可发酵的食物外，他们还经常从一些较脏的食物、土壤和其它自然环境中获得新的微生物。
人类和微生物与现代生活方式的碰撞
那么，现在发生了什么呢？随着农业革命的开始，人类共生微生物可能开始发生重大的变化，因为我们开始定居下来并将一些新的食物纳入我们的饮食中。我们知道，这种转变在一定程度上导致了人类健康水平的下降，至少在转变初期是这样的；当然，其中很大一部分原因是由于不卫生的生活条件导致传染性疾病的猖獗，但是也包括其它一些生活方式的改变，比如开始转变为吃一些富含淀粉、营养不良的饮食。
所有这些肯定都会影响生活在我们体内的微生物小伙伴，因为我们的新的生活方式让我们接触到了一些新的微生物，并改变了我们的肠道菌群组成。
然而，相对于最近几个世纪，特别是最近几十年的变化来说，这种转变简直是小巫见大巫，不值一提。让我们来看看现代社会的一些生活方式特征：
我们把自己与自然环境隔离开来，搬进了大的公寓楼；
我们过度使用抗生素；
我们开始吃一些高度加工的、富含各种添加剂的食物；
我们的昼夜节律被破坏；
我们变得很爱干净，甚至“痴迷”；
我们很少运动和户外活动；
我们的食品供应变得很“干净”。
证据表明，这些生活方式让我们的共生微生物发生了翻天覆地的破坏性变化。
由于这些改变，发生了两件事：
——我们失去了许多微生物，它们曾经是我们的共生微生物群落的一部分
——我们的共生微生物群落组成变得与史前的祖先非常不同
突然之间，我们的内部环境发生了剧烈的变化。数百万年以来，一个多样化的微生物群落与我们逐渐发展进化形成互惠共生的关系，但是现在，我们突然打破了这种平衡。通过吃一些新的食物，我们选择让一些本不属于祖先的共生微生物群落中的细菌生长；通过使用抗生素，我们失去了许多微生物老朋友，也就是说，我们已经在很大程度上改变了我们的共生微生物群落。
这也难怪，现在肠易激综合征、炎症性肠病、食物不耐受和其它肠道相关疾病的发病率如此迅速上升。当然，并不是说肠道菌群的失衡是这些疾病发生的唯一原因，但它绝对是一个非常重要的因素。而且，破坏还远不止于此，肠道菌群失调还与许多其它肠道以外的慢性疾病有关。
我们的环境变化太快，我们的身体无法跟上步伐，现在我们正在为此而承担恶果。
我们应该怎么做？
对于那些没有明显的肠道相关问题和/或轻度肠道菌群失调的人来说，改变生活方式，选择一种更为传统而古老的生活方式应该就足以达到非常好的健康状况。最重要的是，多吃富含可发酵的膳食纤维的食物，适当是一些发酵食品，适当的补充一些高质量的益生菌。
对于那些有更严重的肠道菌群失调的人来说，改变现有的生活方式，包括饮食的改变，以及适当的补充益生菌和益生元，绝对是修复过程的重要组成部分。然而，仅仅如此可能还不够。一种健康的肠道菌群是由数百种微生物组成的，这种多样性很难通过益生菌和膳食补充剂来实现，我们还应该通过其它一些方式增加自己接触各种好的微生物的机会。
现在，粪菌移植技术已经越来越受