现代医学之父希波克拉底在公元前3世纪首次提出“所有的疾病都始于肠道”；19世纪俄罗斯生物学家、诺贝尔奖获得者梅契尼科夫发现了人类长寿和体内细菌健康平衡之间的最直接联系，并证实了“死亡始于肠道”。伴随着现代医学的发展，科学研究已经让人们开始相信，所有已知的人类疾病中高达90%都可以追溯到不健康的肠道。
细菌是地球上所有生命的基础，它们是地球上最初的生命形式，任何生命都不能脱离细菌而存活。人体的微生物数量超过了我们自身细胞数量的10倍，这些微生物在我们的口、鼻、耳、肠道、生殖器和每寸肌肤上繁衍生息，它们的基因达到人体基因的倍。而这些微生物体中的大多数则生活在人体的消化道内，它们支持着我们身体健康的各个方面，人体不仅会与这些生物体发生相互作用，还会与它们的遗传物质发生相互作用。
现代医学将这种在人体内大量生长的复杂的内部生态及其遗传指纹称为“微生物组”，微生物组对于人体健康状态非常重要，从某种角度来说应当将微生物组本身看作是一种器官，它们对健康的重要程度等同于心、肺、大脑等。
人体的肠道菌群参与着多种生理过程，包括免疫系统功能、解*、炎症、神经递质和维生素生成、养分吸收、信号传递以及碳水化合物和脂肪的利用，这些过程都会强烈地决定人体是否会经历过敏、哮喘、自闭症、注意缺陷多动症、癌症、糖尿病或痴呆症等多种疾病或状态。微生物组会影响我们的情绪、生命力、代谢、免疫，甚至会影响我们对世界的看法和思想的清晰程度，它会帮助决定我们是胖还是瘦、是精力充沛还是昏昏欲睡。我们身体或情感上的感受以及与我们人体健康有关的一切都取决于肠道菌群的状态。简单来说，肠道细菌掌控着我们的健康状况。
大脑对肠道菌群的变化尤其敏感，不健康的肠道菌群会成为令人烦恼的头痛、焦虑、注意力不集中或消极人生观的根源。肠道和大脑之间的亲密关系是双向的。肠道中大量的神经细胞被称为“肠道大脑”，血清素是一种主导快乐的分子，它能够让人“感觉良好”，而人体中80%~90%的血清素都是由肠道神经细胞所操控。许多神经科学和精神病学专家正在逐渐意识到，在抑郁症的治疗中，通过改善饮食结构而改善“肠道大脑”或许比抗抑郁药物的疗效会更好。
所有疾病都源于炎症反应，免疫系统控制着炎症过程，而微生物组可以调控或管理炎症反应，参与身体的炎症过程。人体时刻都处于有害物质和细菌的威胁之中，免疫反应是人体良好的防御系统，但只有处于平衡状态的免疫系统才能够发挥最佳的防御作用。
肠壁是身体与外界的边界，因此大部分免疫系统都分布在肠道，除了皮肤之外，肠壁是最有可能面对外来物质及生命体的地方。肠道中的有益菌努力使有害细菌的数量和作用达到最小化，同时与免疫系统、内分泌系统发生积极的相互作用，肠道细菌所产生的副产物可以帮助调控炎症反应和免疫系统应答，有益菌可以关闭慢性免疫系统反应、约束与人体压力有关激素（皮质醇和肾上腺素）的持续分泌，而这两种激素如果持续分泌会给身体带来严重的破坏。
改善肠道菌群，有助于改善人体的多种疾病或状态：多动症、自闭症、哮喘、过敏和食物过敏、慢性疲劳、焦虑和抑郁等心理障碍、失眠、糖尿病及渴望甜食和碳水化合物、超重和肥胖、记忆问题和注意力差、慢性便秘或腹泻、经常感冒或感染、各种肠道疾病、关节疼痛、高血压、动脉硬化、皮肤问题（如痤疮和湿疹）、口臭、牙周和牙齿问题、月经不调等等。
我们可以通过饮食、环境暴露和生活方式来改变、拯救并养育健康的微生物组。俗话说药补不如食补，食以药补，以食为药，任何人都可以通过因素选择而改变自己的微生物组状态，以及终身的健康状况。我们每天所吃的食物是决定肠道菌群健康和多样性的最重要的因素，对于人体肠道菌群健康，没有任何一种药物途径能够比得上饮食处方。