虽然母亲的菌群、我们的出生方式和喂养方式会在一定程度上影响我们的肠道菌群，而且这些是我们自己无法选择的，但是我们生活中的一些选择仍然可以决定我们肠道菌群的整体健康，其中，我们的饮食选择是最重要的。例如，可溶性膳食纤维含量极低的饮食可能会导致肠道有益细菌的缺乏，包括双歧杆菌和乳酸杆菌。在肠易激综合症和食物不耐受患者的肠道中，这些细菌的含量通常很低。富含加工食品的饮食，特别是加工过的蛋白质和食品添加剂，已被证明会通过肠道发酵产生潜在的有*产物。
在日常生活中，我们很多人自认为做出了更好更健康的饮食选择，然而，对于更健康的肠道菌群来说，未必是这样：*很多人有这样一种信念，认为低脂肪对我们的健康和长期幸福更有益。事实上，一旦把天然含有脂肪的食物中的脂肪除去，为了使食物美味，糖的含量往往会增加。所以很多人为了追求低脂肪，最终可能会摄入更多的糖。其实，有一些脂肪是能够促进肠道细菌多样性和减少炎症的，比如存在于野生的富含脂肪的鱼类、种子和某些坚果中的omega-3脂肪。我们绝大多数人摄入的omega-3脂肪太少了。*有的人可能会过分