肠道菌群失衡，代谢产物的水平也常会失衡，这可能会引起一些代谢性疾病。比方说，失去平衡的肠道菌群，可能干扰内分泌，导致人的食量越来越大，容易患上肥胖症。不仅如此，肠道菌群长期严重失调，大量有害菌还可能产生对人体有害的代谢产物。这些有害物质中有的甚至能通过血脑屏障，损伤大脑的神经结构和功能。研究表明，儿童的孤独症、抑郁症等神经系统疾病，都与肠道菌群失调有关。除此之外，肠道菌群失调，还可能会影响到皮肤、肺、肝脏等器官和呼吸、循环等系统。总之，肠道菌群能够通过影响能量吸收、营养素代谢和细菌*素等机制影响人体的健康，越来越多的证据表明，肠道菌群健康与否，与人体健康与否密切相关。
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