肠道是人体与外界接触的最大器官，展开后表面积有㎡，远大于肺部的㎡和皮肤的2㎡。肠道是人体的“第二大脑”，人体90%的营养由肠道吸收，80%的*素由肠道排出，70%的免疫力在肠道产生。
健康人群的胃肠道内寄居着种类繁多的微生物，约万亿个，统称为肠道菌群。种类不同的肠道菌群按一定的比例组合，各菌间互相拮抗、互相协同，在质和量上形成一种动态生物平衡，一般情况下肠道菌群与人体和外部环境保持着平衡状态，对人体健康起着重要作用。
肠道内的生物本身及其代谢产物不仅能调节人体健康，更在膳食和宿主之间起到了重要的桥梁作用，是人体代谢的重要参与者。肠道微生物的基因组中富含参与碳水化合物、氨基酸、维生素和短链脂肪酸代谢的基因，其中很大一部分是人体自身所不具备的。肠道微生物为人类代谢过程提供底物、酶和能量。在代谢过程中产生的短链脂肪酸能促进人体上皮细胞生长与分化，并参与了维生素的合成和各种矿物质离子的吸收。在肠道黏膜表面的附着促进了免疫系统的建立和发展，通过形成“菌膜屏障”而成为人体重要的免疫屏障，避免外源性和内源性的*素、细菌等进入人体。
但在某些情况下，比如不良的饮食习惯、环境污染、压力、用药等因素，会导致肠道有益菌群数量减少，有害菌群数量增多，肠道菌群之间的平衡被打破，形成肠道菌群失调症。
肠道菌群失调症主要表现为腹泻、腹痛、便秘、肠鸣等症状，同时可伴有发热、呕吐、电解质紊乱、低钾血症、低蛋白血症以及上消化症状，由抗生素过度使用所致的小儿肠道菌群失调中，以腹泻、腹痛、脱水为主。
肠道菌群失调的典型症状表现为：
Ⅰ度菌群失调
也称潜伏型微生态失衡，只能从细菌定量检查上发现菌群组成有变化，临床上无或仅有轻微表现，此为可逆性改变，去除病因后菌群失调可自然恢复。
Ⅱ度菌群失调
又称局限微生态失衡，不可逆，在临床上可有慢性肠炎、慢性痢疾等疾病的表现，如慢性腹泻、腹痛等，去除病因后仍维持菌群失调状态不能恢复。
Ⅲ度菌群失调
肠道的正常菌群大部分被抑制，而少数条件致病菌过度繁殖，临床表现病情急且重，甚至出现休克症状，多发生在长期大量应用抗生素、免疫抑制剂、细胞*性药物、激素、射线后，或患者本身患有糖尿病、恶性肿瘤、肝硬化等疾病。
肠道菌群失调的伴随症状
肠道菌群失调症是很多因素导致的共同表现，可伴有腹泻、腹痛、呕吐、发热、消化不良、消瘦或水肿等症状，当持续腹泻时可引起水电解质紊乱及酸碱平衡失调，严重者水分丢失过多将出现休克症状。
肠道菌群失调的并发症
肠易激综合征
肠易激综合征是一组持续或间歇发作，以腹痛、腹胀、排便习惯和大便性状改变为临床表现，而缺乏胃肠结构和生化异常的肠道功能紊乱性疾病，是发病率最高的人类功能性肠道疾病，肠道菌群失调与肠易激综合征关系密切。
多器官功能衰竭
多器官功能衰竭是指机体在经受严重损害后，发生两个或两个以上器官功能障碍，甚至功能衰竭的综合征。肠道菌群失调可导致由细菌和内*素移位引发的内*素血症和内源性感染，原因是源于患者身体内部产生的感染，*素来源难以切断，不断使肝脏及肠道的白细胞系统处于激活状态，从而引起并促进炎症介质的瀑布反应，造成组织广泛损伤，导致多脏器功能不全，引起多脏器功能衰竭。
糖尿病
糖尿病是一组以高血糖为特征的代谢性疾病，高血糖则是由于胰岛素分泌缺陷或其生物作用受损，或两者兼有引起。关于肠道菌群失调对胰岛细胞功能受损具体的作用机理尚未明确，截止至现在，相关研究包括生长因子学说、短链脂肪酸学说、内*素学说、胆汁酸学说等。
炎症性肠病
炎症性肠病简称是一种特殊的慢性肠道炎症性疾病，克罗恩病和溃疡性结肠炎为其主要表现形式。炎症性肠病患者多存在肠道菌群失调，多发生于回肠、直肠、结肠等与细菌接触较多的部位，侵袭性细菌在肠道内过度生长，导致肠道内抗原过多引起炎症反应，从而使肠道自我修复能力下降并失去完整性。
肠道菌群失衡，代谢产物的水平也常会失衡，这可能会引起一些代谢性疾病。比方说，失去平衡的肠道菌群，可能干扰内分泌，导致人的食量越来越大，容易患上肥胖症。
不仅如此，肠道菌群长期严重失调，大量有害菌还可能产生对人体有害的代谢产物。这些有害物质中有的甚至能通过血脑屏障，损伤大脑的神经结构和功能。
研究表明，儿童的孤独症、抑郁症等神经系统疾病，都与肠道菌群失调有关。除此之外，肠道菌群失调，还可能会影响到皮肤、肺、肝脏等器官和呼吸、循环等系统。
总之，肠道菌群能够通过影响能量吸收、营养素代谢和细菌*素等机制影响人体的健康，越来越多的证据表明，肠道菌群健康与否，与人体健康与否密切相关。