吃辣椒拉肚子主要是受辣椒素刺激，肠道痉挛引起的肠胃功能紊乱导致的。吃太多辣椒后辣椒素会刺激胃肠道，不仅让我们的胃肠有种火烧火燎的感觉，而且还会促进胃肠道不断地蠕动，直到肠道通过腹泻把过多的辣椒素排出体外才感觉舒服一些。
中医上则说是本身有湿热，再加上肠胃功能不是很好，所以吃辣椒后就出现湿热泻，泻后肛门还很灼热不适。
很多人在吃辣椒的爽快劲儿过去之后，就会觉得肚子里有些不对付，很快肚子就会边疼边叫，然后跑道厕所去“一泻千里”。吃辣椒引起腹泻的原因到目前为止还没有明确的说法，但是结肠细胞受到辣椒素的刺激，从而导致肠胃运动功能紊乱可能是原因之一。
结肠细胞也存在辣椒素受体，结肠细胞的辣椒素受体的激活会引起结肠运动的紊乱。结肠的作用是把尚未成型的粪便缓缓地推到肛门，并在这个过程中吸收当中的水分，使大便成形。辣椒素受体的过度激活，会使得结肠的运动变快、变得不规律，导致肠管没有足够的时间吸收水分，最终使得粪便不能成形，自然就出现了稀便，也就是拉肚子。
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