在马拉松运动员或跑步爱好者中经常报道有胃肠道症状，即恶心、呕吐、胃肠道的痉挛、腹泻、食欲减退等。有27％的休闲跑步者在比赛中报告了中度或更严重的胃肠道症状。
这种症状的发病机制仍然知之甚少。可能是由于运动引起的内脏血流减少，导致肠屏障的失调。也可能运动导致人体内内*素血症和免疫反应，导致胃肠道症状。运动过程中的碳水化合物摄入也被认为是一种潜在的加重因素，因为人体在跑步时过量消耗能量，导致吸收不良。
马拉松运动期间的胃肠道症状会影响跑步者的运动表现，因此如何减少这种情况变得十分重要。
在运动期间减少胃肠道症状的一种潜在策略是补充益生菌。虽然益生菌可缓解肠易激综合征，但在调节运动相关胃肠道症状方面的效果较少。有研究发现在补充一次益生菌补充后的马拉松比赛，一组跑步者的胃肠道症状持续时间缩短。当补充多菌株益生菌时，铁人三项运动员训练期间胃肠道症状的严重程度也会降低。改善胃肠道症状的潜在机制包括碳水化合物的吸收和氧化的调节，以及运动诱导的胃肠道损伤或渗透性的减弱。
益生菌补充剂与马拉松运动员胃肠道症状的发生率和严重程度有关，但确切机制尚未阐明。在马拉松跑步期间减少胃肠道症状可能有助于在比赛后期保持跑步速度。
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